El primer Grupo de Estudios Psicoanalíticos fue constituido en Colombia el 6 de Mayo de 1956, por los doctores José Francisco Socarras, Arturo Lizarazo, Hernán Quijada, Gustavo Ángel, Tufik Meluk, Alfonso Martínez y Herman Saavedra. Durante el 20° Congreso Internacional de París, en 1957, fue reconocido por la IPA; posteriormente, en 1961, durante el Congreso Internacional de Edimburgo, fue admitido como Sociedad Componente, con el nombre de Sociedad Colombiana de Psicoanálisis.
La Asociación Psicoanalítica Colombiana fue fundada en Bogotá el 16 de Junio de 1962 por los doctores Arturo Lizarazo, Alfonso Martínez, Gustavo Ángel, Julián Córdoba, Humberto Rosselli, Álvaro Villar, Henry García, Roberto de Zubiría, José A. Márquez y Mario González, a raíz de la escisión que se produjo en la Sociedad en febrero de 1962. La Asociación evolucionó independientemente durante veinticinco años, hasta que inició, en 1988, el proceso formal de vinculación a la IPA, En 1994 fue aceptada como Grupo de Estudios; en 1999, durante el 41° Congreso Internacional de Santiago de Chile, fue admitida como Sociedad Provisional; y en el año 2004, durante el 43° Congreso Internacional de New Orleans, fue reconocida como Sociedad Componente.
En el año 2011 cumplió la Asociación cincuenta años de existencia. Tiene una larga tradición, y una historia de constante renovación, sobretodo en los últimos años, cuando integró a su etapa de desarrollo autónomo, la experiencia vivificante de reencontrarse con la comunidad psicoanalítica internacional, representada por la Institución rectora, la IPA.
La Asociación mantiene el Instituto de Enseñanza Arturo Lizarazo, (IDEAL), el cual se encarga de la formación de candidatos a psicoanalistas, a través de un novedoso programa de seminarios y supervisiones. Dicho Instituto cuenta con nueve didactas, encargados de llevar a cabo los análisis personales de aspirantes y analistas en formación. Los didactas se encargan también de la supervisión de los casos que analizan los candidatos.
Edita una revista de aparición semestral y realiza congresos, simposios, conferencias, y actividades de integración y divulgación. Los miembros se mantienen actualizados, mediante reuniones clínicas mensuales y asistencia a congresos nacionales e internacionales. Se promueve la visita de profesores extranjeros y la participación en actividades académicas interdisciplinarias. Se estimula la investigación, clínica, empírica y conceptual, y se fomenta el intercambio de información científica entre los miembros, así como la creación de grupos interdisciplinarios para los proyectos de investigación experimental.
La Asamblea General elige una comisión directiva que rige los destinos de la institución, según los estatutos y reglamentos. Existen cuatro tipos de miembros: Titulares, Asociados, Adherentes y Honorarios. Una oficina administrativa se encarga de todas las labores operativas, a la vez que presta el servicio de Biblioteca. La sede actual, ubicada dentro de la clínica Montserrat de Bogotá, cuenta con magníficas instalaciones para la labor docente y de divulgación.
A más de pertenecer a la IPA., la Asociación es miembro de Fepal (Federación Psicoanalítica de América Latina) y es cofundadora de la Federación Colombiana de Psicoanálisis.
